En el año de 1969, La Universidad Autónoma de Baja California, siendo Rector el Lic. Rafael Soto Gil, establece la comisión de Planeación con el fin de crear nuevas carreras. Es así como en reunión del Honorable Consejo Universitario, con fecha de 21 de junio de 1969 se autoriza la apertura de la Escuela de Arquitectura.

La convocatoria de ingreso, publicada en los diarios de la localidad recibe una inscripción de 40 aspirantes, iniciando clases el 6 de octubre en un pequeño local ubicado en la avenida Cristobal Colón casi esquina con calzada Justo Sierra y siendo su primer Director el Arquitecto César Rubén Castro Bojórquez, quien ejerce el cargo hasta 1977.
En octubre de 1974 egresó la primera generación de egresados titulándose los primeros seis arquitectos en 1975.
Después de varias locaciones que tuvo la escuela para atender la creciente matrícula de estudiantes, a partir de 1985 ocupa su edificio actual en el Campus Mexicali, constituido inicialmente por un edificio de tres niveles con patio central y posteriormente con una crujía anexa para talleres y salas audiovisuales, y un edificio tipo de 15 aulas que alberga los laboratorios y talleres de las dos nuevas carreras de licenciatura que ofrece la hoy Facultad de Arquitectura y Diseño.
El programa educativo de arquitecto ha modificado su plan de estudios en siete ocasiones. Al iniciar operaciones en 1969, adoptó el plan anual de la Escuela Nacional de Arquitectura de la UNAM, en 1974 se modificó a plan semestral, en 1975 plan trimestral, en 1978-2 plan semestral, 1986-1 plan semestral, 1995-1 plan flexible, 1998-2 plan flexible, y en 2008-1 inicia la vigencia del actual plan de estudios del programa de licenciatura en arquitectura en tronco común, modelo por competencias, aprobado por el H. Consejo Universitario en su sesión ordinaria del 28 de noviembre de 2007.
Cada una de las modificaciones al plan de estudios se ha fundamentado en relación con las tendencias de la educación superior, con las políticas de la UABC en torno a sus funciones sustantivas y sus planes de desarrollo institucional, y con las cambiantes circunstancias del contexto socioeconómico y ambiental. Por ello, su oferta educativa siempre ha respaldado la formación de un perfil profesional en continua adecuación a los cambios tecnológicos, vigente en el conocimiento de las corrientes ideológico-culturales de la vanguardia arquitectónica y que a su vez asume la singular geografía de zona árida y la condición de frontera de la ciudad como un nicho de oportunidad. El plan de estudios vigente se caracteriza en el modelo por competencias profesionales y plantea la formación inicial del arquitecto integrándose a una misma base de adquisición de competencias afines en el área disciplinar del diseño (tronco común), al igual que sienta las bases para la capacitación de profesionales con mayor grado de habilitación para hacer frente a la progresiva complejidad de las relaciones sociales y su impacto en el desarrollo humano y el medio ambiente.
En 1983 la unidad académica es distinguida como Facultad al iniciar con la oferta de programas de posgrado: la especialidad en arquitectura del paisaje y la maestría en arquitectura solar, con el propósito de contribuir en la formación de recursos humanos capacitados en los problemas urbanos y ambientales de la región. De 1985 a 1991 se ofertó el programa de maestría en desarrollo urbano, impulsado por docentes e investigadores de la Facultad de Arquitectura y el Instituto de Investigaciones Sociales, con el objetivo de formar especialistas en el campo del desarrollo urbano capaces de analizar y evaluar el fenómeno urbano en la región fronteriza del norte de México.
También a partir de 1985 se integran los objetivos y recursos humanos de la especialidad y la maestría en arquitectura solar creando un nuevo programa de Maestría en Arquitectura con opciones en Arquitectura solar y de paisaje, apoyándose directamente en la actividad de investigación, realizándose el primer examen de grado de maestría el 12 de junio de 1987. Actualmente el programa de maestría en arquitectura se encuentra en proceso de modificación.
Como resultado de la demanda de aspirantes locales y regionales por acceder a este programa de maestría en arquitectura la oferta se trasladó al Campus Tijuana, impartiéndose a una sóla generación en la opción de planeación y diseño ambiental, principalmente constituida por profesionales de los sectores gubernamental y privado de dicha ciudad involucrados en el área de planeación y desarrollo urbano.
En 1994 se dio inicio a los procesos de evaluación del programa de arquitecto por pares académicos externos, obteniéndose el nivel 1 por los CIEES en 1998. Entre 2003 y 2004, con la participación del personal docente, alumnos y autoridades académicas de la facultad, se iniciaron los trabajos para lograr la acreditación del programa educativo de arquitectura por el COMAEA, organismo reconocido por COPAES, obteniendo la acreditación con una vigencia de julio de 2004 a julio de 2009. Ello ha propiciado un mayor reconocimiento social hacia la labor educativa de la facultad.

Con base en la política institucional de atender la creciente demanda de la población por acceder a estudios superiores y con nuevos perfiles disciplinares, el H. Consejo Universitario aprobó el 25 de mayo de 2006, la creación de los programas de licenciatura en diseño gráfico y diseño industrial con planes de estudio basados en competencias profesionales, iniciando actividades en agosto del mismo año, vinculados en sus dos primeros semestres en un tronco común al cual se ha integrado el programa de arquitectura en 2008-1.

El 16 de noviembre de 2006, el H. Consejo Universitario aprobó la creación del programa de maestría y doctorado en planeación y desarrollo sustentable, iniciando actividades la maestría en 2007-2 y el doctorado en 2008-1. Este programa es ofrecido conjuntamente con el Instituto de investigaciones sociales y recientemente fue incluido en el PNPC.